De necov is ontstaan door het samenvoegen van twee ecologische verenigingen in het nederlands-vlaamse taalgebied. De herkomst is nu nog terug te vinden in de opdeling van de vereniging in een terrestrische en een aquatische sectie. De sectie Aquatische Ecologie is de voortzetting van de Nederlandse Vereniging voor Aquatische Ecologie (NVAE). De sectie Terrestrische Ecologie van de Nederlands-Vlaamse Vereniging voor Ecologie is de voortzetting van de Nederlands-Vlaamse Ecologen Vereniging.
Naast de secties die voornamelijk een bestuurlijke en organisatorische rol spelen, kent de vereniging ook werkgroepen. In een werkgroep ontmoeten leden met een gezamenlijke interesse voor een deelaspect van de ecologie elkaar, en organiseren zij activiteiten rond het onderwerp. Werkgroepen vormen de inhoudelijke ruggegraat van de vereniging en het bestuur juicht de vorming van nieuwe werkgroepen dan ook toe. De regels voor oprichting en organisatie van werkgroepen zijn te vinden in het huishoudelijk reglement van de necov. Op dit moment kent de vereniging de volgende werkgroepen: